Uzsākt suņu DNS testa komplekta pārskatu un vērtējumu

Pēc vairāku gadu suņu ģenētikas izpētes dibinātajiem zinātniekiem brāļiem Embark (199 USD) ir lielākā šāda veida suņu šķirņu datu bāze. Tas pārbauda vairāk nekā 250 mazuļu veidus, kā arī vilkus, koijotus, dingos un tā sauktos brīvās sugas "ciema suņus". Šis analīzes plašums ir būtisks, ja runājam par šķirnes noteikšanas precizitāti. Uzsākšana pārbauda arī jūsu mājdzīvnieka DNS, vai nav 165 ģenētiski medicīnisko stāvokļu pazīmju, un var noteikt, vai jūsu kucēns ir pārnēsātājs vai ir pakļauts riskam iegūt pilnīgas slimības izpausmes. Tas ir vairāk mutāciju testu nekā jebkurš cits suņu DNS testēšanas komplekts. Uzsākšana ir dārga un, iespējams, piedāvā pārāk daudz informācijas, taču tās ir tikai tās kļūdas.

Ģenētiskās skrīninga pakalpojumi

Embark ir visdārgākais lolojumdzīvnieku DNS komplekts, kuru pārbaudīju, un tas tiek piedāvāts tikai viena testa komplektā. Rakstīšanas laikā jūs varētu iegūt labāku cenu, ja pārbaudītu vairākus suņus (Embarka vietnē izmantojiet kupona kodu "MULTIPACK"), ar maksimālo 20 procentu atlaidi četriem vai vairākiem komplektiem. Patversmes, selekcionāri un veterinārārsti var saņemt arī atlaides. Bet kā sakot, jūs saņemat to, par ko maksājat. Paziņojums Embark vietnē apgalvo, ka tā šķirnes identifikācijas process "pārbauda vairāk nekā 200 000 ģenētisko marķieru un izveido jūsu suņa šķirnes sajaukuma hromosomu pēc hromosomas".

Pierakstīšanās procesa laikā, kas jums jāveic pirms parauga iesūtīšanas, Embark lūdz atļauju izmantot jūsu paraugu pētījumiem. Embarks sadarbojas ar Kornellas Universitātes Veterinārmedicīnas koledžu - tas palīdz tam, ka līdzdibinātājs Ādams Boiko ir tur esošais profesors, tādējādi pētnieki ir informēti par Embarka datiem. Uzņēmums strādās arī ar ārējiem pētniekiem, kuri izmanto DNS testa informāciju, piemēram, ar pašreizējiem partneriem VetGenomics un Doberman Diversity Project.

DNS kolekcija

Embark iepakojums izceļas ar konkurenci. Piemēram, man patīk komplekta skaidrās un kodolīgās ilustrētās instrukcijas. Kartītē ir attēloti visi norādījumi, kā arī tajā ir uzskaitīti vietrāži URL, kurus varat apmeklēt, lai aktivizētu komplektu, aplūkotu šķirņu sarakstus, iemācītos uztriepes suņa vaigā iegūt paraugu un daudz ko citu.

Iepakojumā ir arī “pretraķešu kvalitātes” suņu birka, kuras aizmugurē ir URL. Ja jūsu suns pazūd, kurš to atrod, var izmantot URL, lai piekļūtu kopīgiem datiem par suni. Ja šī persona piezvanīs uz tālruņa numuru, kas norādīts tagā, Embark darbosies kā trešā puse, lai savienotu meklētāju un īpašnieku. Citiem vārdiem sakot, Embark ne tikai izsniedz jūsu personisko kontaktinformāciju.

Pirmais, ko jūs darāt, protams, ir komplekta aktivizēšana - tāpat kā ar cilvēka DNS komplektiem. Jums ir iespēja izmantot Facebook vai Google pierakstīšanos vai izveidot kontu ar savu e-pasta adresi. Ja jums ir vairāki komplekti vairākiem suņiem, reģistrējiet visus komplektus vienā kontā, lai būtu ērti piekļūt tiešsaistē. Kad jūsu konts ir aktivizēts, izveidojiet suņa profilu katram komplektam, kuru vēlaties aktivizēt, un reģistrējiet katru ar numuriem no Embark komplekta.

Šeit jūs varat arī izlemt, vai vēlaties, lai jūsu suņa dati sniegtu ieguldījumu medicīniskajā un zinātniskajā izpētē (vairāk par to zemāk.) Embark arī informē, ka atjauninājumus nosūtīs pa e-pastu un, ja vēlaties un atrodaties ASV, īsziņas tekstu. ziņa.

Brīdinājumi, kas atrodas uz iepakojuma, norāda, ka nevajag sasmalcināt kasti, jo tā ir arī DNS parauga atpakaļnosūtīšanas konteiners. Šis ir vienīgais suņu DNS tests, ko esmu redzējis un kurā ir nepieciešams viens tampons - pārējiem nepieciešami divi paraugi. Embark kolekcijas sūklis atrodas plastmasas trauka galā, kas piepildīts ar stabilizējošu šķidrumu. 30 sekundes noslaukiet suņa apakšējā vaiga maisiņa kabatu (starp smaganu un vaigu, vēlams, bez tā, lai košļātu) - tas ir par 10 sekundēm ilgāk nekā sacensībās. Atskrūvējiet ierīci, pagrieziet to atpakaļ un ievietojiet sūkli šķidrumā. Viegli sakratiet to 10 sekundes, un paraugs ir gatavs iešanai pa pastu. Acīmredzot Embark izmanto paraugu ņemtāju no uzņēmuma ar nosaukumu DNAGenotek; Zemāk ir videoklips ar norādījumiem, kas izmantoti Embark vietnē:

Konkursa DNS uztriepes testos ietilpst vienkārši garu vates tamponu iemešana aploksnē. Embarka tests jūtas vairāk augsto tehnoloģiju un uzticamāks, pat ja nav nekā pārliecināts. Šī ir tā pati metode, ko izmanto cilvēka DNS testeris MyHeritage DNS. Galu galā jūs nevarat īsti panākt, lai suņi iespļautu mēģenē, kā cilvēki to dara ar 23andMe.

Izpildiet norādījumus, lai paraugu ievietotu iekļautajā plastmasas aploksnē, iebāztu to visu tajā pašā kastē, kurā tas ienāca, un aizveriet vāciņu. Ievietojiet to pastā. Mine devās uz Embark laboratoriju tās galvenajā mītnē Bostonā. Visi pastmarkas ir priekšapmaksas.

Aprēķins, lai saņemtu atbildi no Embark, ir divas līdz četras nedēļas. 19 dienu laikā saņēmu atbildi par vienu komplektu; otrs paraugs 21 dienu laikā parādījās ar šķirnes rezultātiem (ar papildu dienu, lai parādītos pārējā informācija). Šis ir lielisks apgrozījuma laiks.

DNS ziņojumi un papildu iespējas

Embarks tiešsaistē glabā pārskata paraugu, kurā redzams izpilddirektora "smieklīgi fotogeniskais" suns Hārlijs. (Suns tiešām ir fotogēns.) Kad paraugs ir nosūtīts, Embark visu procesu jūs informē. Es saņēmu e-pastu, kurā teikts, ka komplekts ir nonācis ceļā mazāk nekā trīs stundas pēc tam, kad es to nometu pastā. Man tika paziņots par parauga ierašanos laboratorijā, genotipēšanas sākumu, kad genomicisti (zinātnieki, kas specializējas genomos) pārbaudīs paraugu, un, visbeidzot, e-pasta ziņojums, kurā bija norādīti rezultāti. Es arī saņēmu šo šausmīgo filmu Alfa, jo Embarkam ar to ir darīšana. Veselības rezultātu parādīšana dažreiz prasa ilgāku laiku nekā šķirnes rezultāti.

Atšķirībā no citiem DNS testiem, ko mēs esam veikuši, Embark ievieto daudz rezultātu šajā pēdējā e-pastā, ieskaitot nelielu virtulu diagrammu ar sākotnējiem šķirnes rezultātiem un pat nelielu mājienu par to, cik daudz vilku DNS ir jūsu tīri pieradinātajā sunī. Lai iegūtu pilnīgus rezultātus, jūs piesakāties, izmantojot vietni My Embark. Tur jūs varat arī izdrukāt PDF pārskatus, lai gan ne visi tiešsaistes dati tiek parādīti PDF failā.

Mana metodika bija vienreiz pārbaudīt tīršķirnes suni (Griffin) un redzēt, vai testa uzņēmums iegūs pareizo šķirni, pēc tam divreiz pārbaudīt manu jauktas šķirnes biedru (Madison) - vienu reizi ar viltus vārdu (“Daisy”) un jauns konts - lai redzētu, vai rezultāti abos gadījumos bija vienādi. Ņemot vērā, ka testus mūsu vajadzībām izmantoja Embark, iespējams, ka tas varētu vienkārši izsekot PCMag nosūtītajiem paraugu numuriem un sekot līdzi šādām viltībām, taču tas, šķiet, ir daudz darba.

Rezultāti

Pirmā pietura, kuru jūs, iespējams, vēlēsities veikt pilnos rezultātos, ir poga Šķirne. Es priecājos ziņot, ka Embark domāja, ka Grifins ir zelta retrīvers ar 100, 0 procentiem, kas piekrīt dažiem citiem DNS testiem, kā arī Grifina īpašniekam un selekcionāram.

Madisons, protams, atgriezās ar visur pieejamu šķirņu sajaukumu: 34, 2 procenti amerikāņu pitbulterjeru, 17, 5 procenti Šetlendas aitu suns, 13 procenti labradoru, 12, 4 procenti angļu springerspaniels, 9, 1 procenti bulterjers, 7, 1 procents vācu Aitu suns (GSD) un 6, 7 procenti rotveileru. Nevienā citā DNS testā viņai nebija piesaistīts springers vai GSD.

Kas notika ar otro Madisona (aka "Daisy") pārbaudi? Tur bija vienas un tās pašas šķirnes, tikai nedaudz atšķirīgi procenti salīdzinājumā ar tām, kas atrodas vidū.

Interesanti, ka Embarkas populārākā Madisonas šķirne ir pitbulterjers, nevis amerikāņu Stafordšīras terjers - abi parasti tiek salikti kopā zem “pitbulterjera” monistera, taču pastāv atšķirības, vismaz lieluma un izskata ziņā. Amerikāņu Stafordšīras terjers bija populārākais Madisonam ar citiem DNS testiem, piemēram, Wisdom Panel.

Šķirnes sadaļā sniegta arī zināma informācija par šķirņu ģimenēm suņa kosmētikā, kā arī sniegts suņa mātes un tēva haplotipa (DNS secības) apskats, pat parādītas kartes, kur suņa senie senči varētu būt cēlušies. Tas ir triviāls sīkums, un daži no tā (piemēram, kartes) jūtas kā pildviela.

Madison un "Daisy" ciltskoki bija identiski. Pārbaudes no DNSffirm un DNS My Dog neizdevās būt saskaņotām pat ar sevi, liekot šaubīties par ticību viņiem. Ar Embark ne tā. Dzimtas koka skats izšķir šķirnes paaudzi. Ņemiet vērā, ka Grifins pat nenopelnīja koku, kas ir lieliski, jo tas būtu viss Goldens.

Veselība un vairāk

Šķirnes sadaļas iepazīšana ar suņa ierakstu ir tikai sākums. Pētniecības nodaļa prasa darbu no jums, suņa īpašnieka - tas ir paredzēts tiem, kas plāno ieguldīt savu suņu DNS zinātnē. Uzsāciet cerību, ka aizpildīsit dažus mazus apsekojumus, lai šis ieguldījums būtu vērtīgs, par tādām tēmām kā jūsu suņa zobu veselība, uzvedības problēmas un alerģijas, kā arī pilnīga medicīniskā aptauja. Tas ir tieši tik jautri, kā jūs varētu gaidīt: neviena. Tomēr dariet to, ja vēlaties nopelnīt visu pieredzi, kā padarīt pasauli labāku, izmantojot sava suņa genomu.

Neapšaubāmi vissvarīgākā ir sadaļa Veselība, jo tajā ir rezultāti visiem testiem, kas veikti ģenētiskām mutācijām, kuras jūsu suns varētu veikt vai vismaz veikt. Grifina rezultāti bija pilnīgi skaidri, kas vienojās ar Wisdom Panel secinājumiem. Arī Medisonas rezultāti bija vienisprātis - viņa ir deģeneratīvas mielopātijas nesēja, bet nepiedzīvos to, jo ir mirusi. Pat skaidrā laikā šī sadaļa turpina parādīt suņa šķirnes (-u) kopējos nosacījumus. Lielākā daļa šīs informācijas interesēs tikai tos cilvēkus, kuriem ir suns, kas pakļauts riskam, bet ir iespēja izlasīt par visiem 165.

Ņemiet vērā, ka Madisona ziņojums parāda tikai 162 kopējo pārbaužu rezultātus, nevis 165 reklamētos. Uzņēmuma pārstāvis sacīja: "Ja mūsu algoritmi nav simtprocentīgi pārliecināti par veselības izsaukumu, tas to neizsauks." Ja ir noteikts tests, kurā klients vēlas iegūt rezultātus, un viņš to neredz, neuzņemieties, ka tas ir negatīvs. Pēc suņa īpašnieka pieprasījuma Embark pārskatīs rezultātu manuāli.

Sadaļā Veselība ir saites, lai veterinārārstam izveidotu viegli kopīgojamu vai izdrukātu ziņojumu. Ja suns ir tīršķirnes, tur ir arī saite ziņojuma par ģenētiskajiem atradumiem nosūtīšanai Ortopēdiskajam fondam dzīvniekiem (OFA), organizācijai, kas vēlas samazināt ģenētisko saslimšanu ar pavadoņiem.

Visbeidzot, šeit ir sadaļa Advanced, lai parādītu rezultātus, ko saprot tikai ģenētiķis. Tas sadala informāciju, piemēram, šķirnes DNS daudzumu, kas atrodams katrā no 38 hromosomām, visi krāsainā grafikā. Ritiniet uz leju, lai iegūtu informāciju par suņa ģenētisko daudzveidību, kas parāda faktisko invadāciju (cik cieši saistīti suņa vecāki). Jo vairāk selekcijas, jo ģenētiski pārmantoti apstākļi var notikt. Madisona, muttas vecākiem, inbribas koeficients bija 0 procenti; bet tīršķirnes Grifina vecākiem bija 23 procenti no gēnu proporcijas, kas bija identiski abiem vecākiem.

Ja esat dīvains, lasot genomus, Embark ļauj lejupielādēt ZIP failus ar apmēram 7 megabaitiem neizprotamu datu par 200 000 marķieriem paraugos. Kā jūs to darītu, to kāds uzminē.

Traucējumu ziņojums ir nedaudz interesants, parādot ģenētiskos lokus, kas ietekmē krāsas un mēteļus. Tas atkal ir apgrūtināts ar sarunām par hromosomām un saitēm ar citiem Embark suņiem, kuriem ir līdzīgi atklājumi. Izņēmums ir sadaļa Inbreeding Coefficient, kas parāda, cik daudz tīršķirnes suņa mammai un tētim ir vieni un tie paši gēni. Grifina vecāku rezultāts bija 23 procenti (Madisona muttes ļaudīm: 0 procenti). Bija interesanti redzēt, ka "Daisy" parādās tāpat kā Madisona genotips. Bet ilgtermiņā Wisdom Panel sadaļa, kurā aprakstītas iezīmes, vidējam lietotājam ir labāka nekā Embark sarežģītākie dati.

Ģenētiskie secinājumi

Uzsākt ir reāls darījums. Ja jūs uztrauc galvenokārt suņa iespējamās ģenētiskās veselības problēmas, šim komplektam vajadzētu būt jūsu pirmajai izvēlei; tas vienkārši pārbauda, ​​vai nav vairāk problēmu. Tikai tas ir vērts, ka papildus USD 50 pārsniedz Wisdom Panel cenu. Mūsu rezultātos šķirnes noteikšana lielākoties ir konsekventa. Ņemot vērā uzņēmuma zinātnisko izcelsmi, nav daudz iemeslu justies mazāk nekā pārliecinātam par tā iznākumu. Tomēr vidusmēra suņu īpašniekam liela daļa sniegto datu ir nevajadzīga un sarežģīta.